Po okresie kolejnych, licznych najazdów i zmian administracji, poczynając od roku 1457 wyspa trafiła pod wielowiekową okupację Imperium Osmańskiego. W 1821 r. wojska osmańskie dokonały tu rzezi, jednej z wielu identycznych, planowo realizowanych w wielu miejscach dawnego BizancjumΘάνος Βερέμης, Γιάννης Κολιόπουλος – „1821 – Narodziny narodu i państwa”, wyd. Skai Biblio, Ateny 2010, „1821 – Η ΓΕΝΝΗΣΗ ΕΝΟΣ ΕΘΝΟΥΣ-ΚΡΑΤΟΥΣ”, , z najbardziej znaną z nich Masakrą ludności wyspy Chios. Śmierci uszło wtedy jedynie ok. 100 mieszkańców Samotraki, ukrytych w pieczarach i około 300, spośród osób uciekających przez morze. Wyzwolenie i trwałe wejście w skład Grecji przyniósł rok 1912, dzięki stoczonym w bezpośrednim sąsiedztwie Samotraki bitwom morskim, znanym jako Bitwa u przylądka Elli, następnie kolejna bitwa koło Lemnos (1913).