Crash Bandicoot 3 wykorzystuje także możliwości nowego wówczas kontrolera DualShock, często używając wibracji.
Gra składa się łącznie z 30 poziomów, nie wliczając w to bossów i dwa pozioma specjalne. Zdobywając na każdym poziomie jeden klejnot i jeden relikt, można ukończyć grę w 104%. Zaś kiedy gracz dodatkowo zdobędzie platynowe i złote relikty ze wszystkich poziomów, otrzymuje od Coco dodatkowy Gem i kończy wówczas grę w 105%.
Kryształy Aby ukończyć każdy z poziomów (poza tymi z bossami) należy zdobyć kryształ. Ponadto w każdym z nich zdobyć można relikt oraz jeden lub dwa klejnoty. Ukryte poziomy nie zawierają kryształów. By wygrać grę, należy zebrać wszystkie 25 kryształów, znajdujących się zazwyczaj pod koniec poziomu, w dobrze widocznym miejscu.
Klejnoty W grze znajduje się również 45 klejnotów, dzielących się na dwa rodzaje – przezroczyste, które zdobywa się niszcząc wszystkie skrzynki na danym poziomie, łącznie ze skrzynkami TNT i „Nitro”, lub przechodząc miejsce odblokowywane za pomocą kolorowych klejnotów, zaś kolorowe po odblokowaniu i ukończeniu ukrytej platformy w danym poziomie, lub po ukończeniu sekretnej części poziomu.