W północnej wieży na wysokości I piętra znajduje się wyryty w kamieniu podpis XII-wiecznego muratoraJan Adamczewski, Kraków od A do Z, KAW, Kraków..
Polichromia w kopule przedstawia Sąd Ostateczny, a w prezbiterium glorię św. Klary, Salomei i Kingi wraz z koronacją Matki Bożej w absydzie. W głównym ołtarzu znajduje się obraz św. Andrzeja, a w mensie ołtarzowej barokowe tabernakulum z XVIII wieku. W prezbiterium są również zabytkowe organy 8-głosowe.
Od północnej strony przylega do prezbiterium gotycka kaplica z XIV w., służąca jako zakrystia. Jej budowa spowodowała zniszczenie niewielkiej apsydy przy północnym ramieniu transeptu. Przypuszcza się, iż kaplica ta została zbudowana jako kaplica grobowa możnego rodu Tęczyńskich.
Klasztor
Do kościoła przylega klasztor wzniesiony na planie nieregularnego czworoboku, z wirydarzem pośrodku. Pod koniec XVI wieku i na przełomie XVI i XVII wieku klasztor był przebudowywany. W 1843 roku powstała neoromańska elewacja od ul. GrodzkiejTurystyka – www.krakow.pl.. W skarbcu klasztornym przechowywane są cenne zabytki, m.in. XIII wieczne relikwiarze, unikatowy, mozaikowy obraz Matki Bożej w stylu bizantyńskim z przełomu XII/XIII wieku oraz najstarsze figurki jasełkowe, pochodzące z początku XIV wieku, ofiarowane prawdopodobnie przez Elżbietę, siostrę króla Kazimierza Wielkiego.