Wraz z przekształceniem się tytułów komandorskich w XVII wieku w stopnie wojskowe, kapitana także ustanowiono stopniem, niższym właśnie od komandorów. W niektórych marynarkach wojennych nazwy odpowiedników polskich komandorów figurują zgodnie z historycznym pochodzeniem jako różni kapitanowie. Na przykład w Marine są stopnie: Kapitän zur See (Kapitan Morza); Fregattenkapitän (Kapitan Fregaty); a także Korvettenkapitän (Kapitan Korwety). W Rosji noszą one nazwy kapitanów I, II i III rangi.
Użycie W Polsce właściwy stopień kapitana marynarki został ustanowiony w 1921 roku, wraz z pozostałymi pierwszymi stopniami w Marynarce Wojennej. Wcześniej, od 1918 roku używano już stopnia kapitana marynarki, ale był to zapożyczony z Wojsk Lądowych stopień kapitana, z dodanym przymiotnikiem "marynarki".
W latach 1921–1924 w Polsce istniał stopień kapitana porucznika marynarki – pomysł ówczesnego komandora Jerzego ŚwirskiegoJ. Kłossowski, Wspomnienia…, s. 154–155..
Od momentu ustanowienia stopień kapitana znajduje się w hierarchii pomiędzy porucznikiem marynarki, a komandorem podporucznikiem i jest odpowiednikiem kapitana. W latach 1921–1952 był jedynym stopniem oficerów starszych, a od 1952 roku jest najwyższym stopniem wojskowym wśród oficerów młodszych.