Kluby te nie były jednak zarejestrowane w Polskim Związku Piłki Nożnej i nie brały udziału w rozgrywkach ligowych. Pierwszym klubem z Kościerzyny, który zgłosił się do rozgrywek ligowych był w 1939 Sokół Kościerzyna (debiut miał nastąpić w sezonie 1940). Z powodu wybuchu wojny klub nie zadebiutował w lidze. W 1945 powstał Milicyjny Klub Sportowy Kościerzyna, w którym była tylko sekcja piłki nożnej.
1946-1988 Wiosną (przed rozpoczęciem rozgrywek piłkarskich) 1946 MKS Kościerzyna został rozwiązany, na jego podstawie powstał nowy wielosekcyjny klub Kaszubia Kościerzyna. Drużyna piłkarska nowego klubu została zgłoszona do rozgrywek od sezonu 1946 (wówczas grano systemem wiosna-jesień). Nowy klub wystartował w rozgrywkach najniżej ligi (C klasy), gdyż przed II wojną światową w Kościerzynie nie grała żadna ligowa drużyna piłkarska. W następnym sezonie kościerscy piłkarze awansowali do B klasy a w 1949 do A klasy, w której grali do sezonu 1970/71, z dwiema jednosezonowymi przerwami, kiedy spadali do B klasy po czym wracali do A klasy. Przez prawie całe lata 70. Kaszubia grała w B klasie.