Bezpośrednią przyczyną wybuchu konfliktu stało się zamordowanie w zemście za wcześniejsze krzywdy przez sprzymierzonych z Pekotami Indian Niantic dwóch angielskich kupców, najpierw kapitana Johna Stone’a, a następnie kapitana Johna Oldhama 20 czerwca 1636. Pekoci udzielili sprzymierzonym Nianticom schronienia, czym narazili się na zemstę kolonistów. Wojna miała także szersze przyczyny – konflikt Pekotów ze wspieranymi przez Anglików Narragansettami i Moheganami wodza , rywalizację o terytoria Pekotów pomiędzy rozrastającymi się koloniami Massachusetts i Connecticut oraz gwałtowne zmniejszanie się liczebności plemienia – głównie wskutek przywleczonych przez białych chorób (w 1633 było już tylko ok. 4000 Pekotów).
Karna ekspedycja przeciwko Pekotom wyruszyła wiosną 1637 z Connecticut pod dowództwem kapitana Johna Endicotta (J. Masona?). Anglicy żądali od wodza Pekotów Sassacusa m.in. wydania winnych zabójstwa oraz daniny w postaci 800 metrów pasów wampum. 26 maja oddział milicji kolonialnej i sprzymierzonych z nią Indian zaatakował, a następnie podpalił i zniszczył obronną wioskę Pekotów Fort Mystic (Stonington). Wycofujących się Indian rozbiły 26 lipca pod New Heaven połączone siły kolonii Plymouth, Massachusetts i Connecticut. W spalonym Forcie Mystic zginęło ponad 500 Pekotów, w tym wiele kobiet i dzieci.