zamieszany w nieudany zamach mający na celu obalenie lidera rządzącej junty, Adolfo Majano Ramosa (maj 1980); dążył także do zniweczenia działań reformatorskich i pokojowych prezydenta José Napoleona Duarte.
Oskarżony o współudział w zamordowaniu arcybiskupa San Salvadoru Oscara Romero (1980), D’Aubuisson kilka miesięcy w 1981 spędził w Gwatemali; pod koniec roku powrócił do Salwadoru i założył prawicowy ruch polityczny – Narodowy Sojusz Republikański ARENA.
Liczył na objęcie stanowiska prezydenta w marcu 1982, jednak ostatecznie tymczasowym prezydentem został Álvaro Magaña; jako lider silnego ugrupowania D’Aubuisson został przewodniczącym Zgromadzenia Ustawodawczego (1982–1983). W 1984 przegrał z Duarte w wyborach prezydenckich. W 1989 wskutek nacisków amerykańskich przekazał kierowanie Sojuszu Alfredo Cristianiemu, który w tymże roku został prezydentem Salwadoru.
W ostatnich latach życia D’Aubuisson daremnie przeciwdziałał inicjatywom pojednawczym Cristianiego. Kilka tygodni przed śmiercią dawnego lidera ugrupowania zawarto porozumienie rządu i ARENA z lewicową partyzantką.