Stolicą Cundinamarca jest Bogota. Jest to wyjątek wśród departamentów Kolumbii, by stolica leżała poza jego terytorium. Wynika to jednak z kolumbijskiej konstytucji, nadającej Bogocie specjalny status. Konsekwencją takiego rozwiązania jest niewliczanie ani powierzchni Bogoty, ani jej mieszkańców, do powierzchni i ludności departamentu Cundinamarca. Gdyby liczyć je łącznie, miałyby 9,5 miliona mieszkańców.
Gminy Agua de Dios, Albán, Anapoima, Anolaima, Apulo, Arbeláez, Beltrán, Bituima, Bogota, Bojacá, Cabrera, Cachipay, Cajicá, Caparrapí, Cáqueza, Carmen de Carupa, Chaguaní, Chía, Chipaque, Choachí, Chocontá, Cogua, Cota, Cucunubá, El Colegio, El Peñón, Facatativá, Fómeque, Fosca, Funza, Fúquene, Fusagasugá, Gachalá, Gachancipá, Gachetá, Gama, Girardot, Guachetá, Guaduas, Guasca, Guataquí, Guatavita, Guayabal de Síquima, Guayabetal, Gutiérrez, Jerusalén, Junín, La Calera, La Mesa, La Palma, La Peña, La Vega, Lenguazaque, Machetá, Madrid, Manta, Medina, Mosquera, Nariño, Nemocón, Nilo, Nimaima, Nocaima, Pacho, Paime, Pandi, Paratebueno, Pasca, Puerto Salgar, Pulí, Quebradanegra, Quetame, Quipile, Ricaurte, San Antonio del