Ordery i odznaczenia Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (9 listopada 1932) „za zasługi na polu organizacji wojska”. Krzyż Walecznych nr 6885 Złoty Krzyż Zasługi (16 marca 1928)M.P. z 1928 r. nr 65, poz. 88 „za zasługi na polu organizacji wojska” - jako Ksawery Czernicki. Medal Pamiątkowy za Wojnę 1918–1921 Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości Krzyż Komandorski Orderu Miecza (Szwecja, 1935)Sveriges statskalender / 1940. Bihang, s. 17 Krzyż Oficerski Orderu Legii Honorowej (Francja, 1931) Order Świętego Stanisława (Imperium Rosyjskie) Order św. Anny (Imperium Rosyjskie)
Upamiętnienie W 1993 jego imieniem została nazwana Centralna Składnica Marynarki Wojennej.
Od 2001 okręt wsparcia logistycznego nosi nazwę ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki”.
Jedna z gdyńskich ulic nosi jego imię.
Dwóm szkołom podstawowym nadano jego imię, w podgdyńskim Pogórzu i w Wielkim Podlesiuhttp://spwp.cba.pl/.
Na targach Balt-Military-Expo w Gdańsku jedną z nagród w dziedzinie budownictwa okrętowego jest Grand Prix im. Kontradmirała Xawerego Czernickiego.
W 2001 ukazała się książka pod redakcją Jerzego Przybylskiego pt.