Jako żołnierz o wysokim autorytecie, podniósł morale armii i nominalnie, nie jako dowódca polowy, kierował dalszymi operacjami przeciwko komunistycznej partyzantce DSE. Po zwycięstwie, 17 października 1949 awansowano go, po raz pierwszy w historii Grecji, do stopnia marszałka. W 1951 zakończył służbę w wojsku, podejmując karierę polityczną.
W 1951 założył nową partię, Grecki Alarm („Ελληνικός Συναγερμός”), przedstawiającą program konserwatywny. Nowe ugrupowanie przejęło dawny elektorat Partii Ludowej i w wyborach parlamentarnych w 1951 uzyskało 114 mandatów. Papagos odmówił jednak wejścia do rządu. Po zmianie ordynacji wyborczej jego partia uzyskała 239 mandatów na 300, mimo zdobycia mniej niż połowy głosów. 23 listopada 1952 Papagos został premierem Grecji.