Po śmierci Zbigniewa Oleśnickiego został mianowany 2 października 1493 arcybiskupem gnieźnieńskim (jednocześnie prymasem Polski); od tej chwili łączył w jednym ręku dwa tradycyjnie najważniejsze biskupstwa w Polsce. Jego pozycję w Kościele polskim wzmocniła jeszcze nominacja kardynalska; papież Aleksander VI kreował go 20 września 1493 kardynałem prezbiterem kościoła tytularnego Sanctae Luciae in septem soliis (lub) viis. Po nominacji na gnieźnieńską stolicę arcybiskupią przyjął sakrę biskupią.
Był świadkiem wydania przywileju piotrkowskiego w 1496 roku. 6 maja 1499 roku podpisał w Krakowie akt odnawiający unię polsko-litewską. Podpisał dekret elekcyjny Aleksandra Jagiellończyka na króla Polski 3 października 1501 roku. Był sygnatariuszem unii piotrkowsko-mielnickiej 1501 roku.
Kierował się w swoich działaniach dobrem dynastii Jagiellonów, ale dbał również o sprawy kościelne. Rozwijał w obu swoich diecezjach kult świętych, troszczył się o życie liturgiczne oraz należyty poziom życia duchowieństwa;