Oskarżyciel publiczny 10 marca 1793 roku Konwent Narodowy oficjalnie powołał do życia Trybunał Rewolucyjny i uczynił Fouquiera pierwszym oskarżycielem publicznym. Od tej pory Fouquier-Tinville będzie wypełniał bez zastrzeżeń polecenia Komitetu Ocalenia Publicznego, wygłaszając akty oskarżenia m.in. przeciwko zakonnicom z Compiègne, Charlotte Corday, Marii Antoninie, żyrondystom, hebertystom i dantonistom. Znany był z bezwzględnego radykalizmu, w większości przedstawionych sądowi przypadków bez problemu uzyskiwał wyrok skazujący. Choć oskarżany był o tchórzostwo, alkoholizm i koniunkturalizm, jego pozycja w Trybunale pozostała niezagrożona aż do upadku jakobinów.
Upadek i śmierć Fouquier-Tinville nie został aresztowany natychmiast w czasie przewrotu 9 thermidora, wręcz przeciwnie, był jednym z członków Trybunału Rewolucyjnego, którzy potwierdzili możliwość zgilotynowania aresztowanych jakobinów bez wcześniejszego osądzenia. Chociaż jego rewolucyjna wierność została potwierdzona m.in. przez Barère'a, 1 sierpnia został uwięziony i postawiony przed Konwentem (na podobnych zasadach jak niegdyś Ludwik XVI w swoim procesie). Były prokurator bronił się przedstawiając siebie jako ślepe narzędzie w rękach władzy. Twierdził, że wykonywał tylko cudze polecenia, gdyż odmowa ich dokonania oznaczałaby dlań wyrok śmierci.