20 października 1944 r. MacArthur wraz z przebywającym na wygnaniu prezydentem Filipin Sergio Osmena i grupą oficerów wyszedł na plażę w zatoce Leyte. Wypowiedział wówczas słynne słowa: „Narodzie filipiński, wróciłem!”, realizując tym samym obietnicę sprzed dwóch lat. Dziś wydarzenie to upamiętnia okolicznościowy pomnik stylizowany na tę scenę.
Japonia thumb|MacArthur podpisujący w imieniu sprzymierzonych akt bezwarunkowej kapitulacji Japonii thumb|Z cesarzem Hirohito W kwietniu 1945 r. został mianowany dowódcą sił zbrojnych na Pacyfiku (AFPAC – , składających się tylko z wojsk amerykańskich obecnych w regionie Pacyfiku) z głównym zadaniem przygotowania i dokonania inwazji na Japonię właściwą. Był już wtedy, od 18 grudnia 1944, pięciogwiazdkowym generałem (General of the Army) i podlegały mu wszystkie amerykańskie siły lądowe i powietrzne (20. Armia Lotnicza) w Azji.
Gdy po krwawych walkach o Okinawę zakończonych 1 lipca 1945, przygotowywał się do planowanego na listopad 1945 lądowania na Kiusiu, dwa amerykańskie nuklearne naloty na Hiroszimę i Nagasaki zakończyły w sierpniu wojnę z Japonią.