W 1935, na prośbę prezydenta Manuela Quezona, został oddelegowany do dowodzenia siłami zbrojnymi Filipin, gdzie w 1936 r. otrzymał stopień filipińskiego feldmarszałka. Od wybuchu wojny na Pacyfiku dowodził siłami broniącymi Filipin. Pomimo, że dał się zaskoczyć japońskim atakiem, tracąc w ciągu pierwszych dni niemal całe lotnictwo, był w stanie zorganizować trwającą ponad dwa miesiące regularną obronę wysp. Nie zdołał jednak powstrzymać japońskiej ofensywy, musiał opuścić Filipiny i ewakuować się do Australii. Uczynił to na osobisty rozkaz prezydenta USA, wcześniej odmawiając opuszczenia wysp na polecenie szefa sztabu US Army gen. Marshalla.

11 marca 1942, wraz z żoną i synem, wsiadł na pokład kutra torpedowego PT-41 i z Corregidoru dotarł na Mindanao, a stamtąd samolotem B-17 do Australii (17 marca). Po przylocie do Australii generał wypowiedział słynne słowa: „Wrócę” (). Poczucie winy z powodu opuszczenia walczących żołnierzy, z których 10 tysięcy zostało po kapitulacji Bataanu zamordowanych przez Japończyków, towarzyszyło mu do końca życia. Przez propagandę przeciwników został wtedy nazwany tchórzem, i, aby odeprzeć te ataki, Kongres przyznał mu upragniony Medal Honoru.