Stopniowo przyczyniło się to do porzucenia klasycznych żywiołów i sformułowanie idei pierwiastka chemicznego.
Historię chemii jako nauki i koniec alchemii datuje się od wydania przez Roberta Boyle’a dzieła The Skeptical Chymist (1661), w którym wyraźnie rozgraniczył on chemię jako naukę od przednaukowych badań alchemicznych. Zauważył on, że niektóre substancje, poddawane „wpływowi Wulkana” (podgrzewaniu), nie dają się rozłożyć na prostsze elementy, co stawia pod znakiem zapytania koncepcję czterech żywiołów. Choć jego pisma unikały radykalnych wniosków, wynikało z nich, że podstawowe elementy materii powinny być określane drogą eksperymentalną, a nie na podstawie filozoficznej spekulacji. Kluczowe znaczenie tej pracy polegało na postulacie wyraźnego oddzielenia opisu wyniku prowadzonych badań i wynikających z tych badań bezpośrednich wniosków od ich filozoficzno-ezoterycznych interpretacji.