Samo słowo alchemia pochodzi z języka arabskiego. Muzułmańscy uczeni przejęli kulturową spuściznę antyku, w szczególności zaś pisma Arystotelesa. W oparciu o starożytną filozofię przyrody znacząco rozwinęli medycynę i nauki przyrodnicze. Największym alchemikiem arabskim był Dżabir Ibn Hajjan (760–815) zwany na Zachodzie Geberem. Znacząco zmodyfikował on teorię czterech żywiołów Arystotelesa. Do czterech żywiołów (ziemi, powietrza, ognia i wody), będących podstawowymi elementami materii, dodał dwie „zasady bezpośrednie” (siarkę i rtęć), z których złożone były wszystkie metale. Z tego też powodu, uznawano, że manipulując tymi dwiema zasadami, można otrzymać dowolny z metali, np. zmienić ołów w złoto. Jego następcą był alchemik perski Ar-Razi (850–925) znany w Europie jako Rhazes, a następnie tadżycki uczony Ibn Sina (979–1037) znany jako Awicenna.
Za sprawą uczonych muzułmańskich, alchemia rozwinęła się również w średniowiecznej Europie, a jej przedstawicielem był m.in. Albert Wielki czy podpisujący się imieniem Gebera tzw. Pseudo-Geber.