Franciszek był członkiem sprzysiężenia powstańczego 1794 roku. Po odmowie objęcia dowództwa powstania na Litwie przez dalekiego kuzyna, Kazimierza Nestora Sapiehę Tadeusz Kościuszko wystosował 14 kwietnia 1794 list do Franciszka, prosząc go objęcie tej funkcji. List wpadł w ręce rosyjskie, mimo to polecenie do Franciszka dotarło inną drogą. Mimo to formalnie dowództwa nie przyjął. Świadomy swojej niekompetencji 2 maja poprosił Kościuszkę o zdjęcie z funkcji generała dywizji. Zwolnienie uzyskał 14 maja. Po kilku reorganizacjach dywizji i nieudanych operacjach wojskowych Franciszek, nie pełniący żadnej oficjalnej funkcji, wycofał się z wojska po 8 czerwca. Po upadku powstania złożył 3 grudnia 1794 w Warszawie na ręce rosyjskiego generała von Buxhoevdena zapewnienie, iż przeciw Rosji walczyć nie będzie. Późniejsze kontakty z Nikołajem Repninem doprowadziły do amnestii.
Uczestniczył w koronacji cara Pawła I w roku 1797, po czym odsunął się od życia publicznego. Podróżował wiele po Europie, prowadząc hulaszczy tryb życia, popadając nieustannie w długi. Jednym z jego plenipotentów był w latach 1825–1829 Paweł Edmund Strzelecki, który dopomógł wyratować dobra Franciszka od zlicytowania przez wierzycieli.