Podczas kolejnej wojny, latem 1944 roku dworzec został wysadzony w powietrze podczas odwrotu niemieckiego i jego funkcje przejął budynek ekspedycji.
W 1964 roku linię zelektryfikowano.
7 maja 1977 roku oddano do użytku nowy, modernistyczny gmach dworca projektu krakowskich architektów Ryszarda Frankowicza i Macieja Hyły.
Modernizacja W styczniu 2015 firma SKB Development na zlecenie PKP rozpoczęła generalny remont budynku dworca. 18 marca 2016 wyremontowany dworzec został ponownie otwarty dla podróżnych, a w wydarzeniu tym udział wziął m.in. Ryszard Frankowicz, pierwotny projektant dworca. Pozostałości oryginalnych neonów trafiły do magazynu stołecznego Neon Muzeum.
Po remoncie górna część budynku została zajęta przez władze samorządowe, SOK i PKS, a na dole zlokalizowano część związana z obsługą pasażerów kolejowych i autobusowych.
W ramach projektu budżetowego "Modernizacja linii kolejowej nr 91 Kraków Główny Osobowy – Medyka i linii nr 92 Przemyśl – Medyka, odcinek Rzeszów – granica państwa" PKP PLK przeprowadziły modernizacje kolejno peronu nr 2 oraz peronu nr 1.