Fabuła Serial ukazuje czwarty i piąty rok pięcioletniej misji USS Enterprise, której pierwsze trzy lata zostały zaprezentowane w Serii oryginalnej. Kilka odcinków stanowi bezpośrednie sequele epizodów wcześniejszego serialu. Zasadnicza koncepcja fabularna nie uległa poważniejszym zmianom. Zmiana formy na animowaną pozwoliła scenarzystom na znacznie odważniejsze tworzenie opowieści, które ze względu na koszty scenografii czy efektów specjalnych bardzo trudno byłoby zrealizować w serialu aktorskim.
Z podobnych powodów możliwe było dodanie do grona stałych bohaterów dwójki kosmitów, służących w Gwiezdnej Flocie - porucznika Arexa, Edozjanina (jest to rasa mająca po trzy górne i dolne kończyny, z gadzim wyglądem głowy) oraz porucznik M'Ress, pochodzącej z kotowanej rasy Kaitan. W serialu nie występuje natomiast postać chorążego Chekova, choć grający go w Serii oryginalnej i w późniejszych filmach kinowych Walter Koenig wziął udział w produkcji Serii animowanej jako scenarzysta jednego z odcinków.
Dubbing William Shatner – James T.