Wybuch II wojny światowej, w tym aneksja Estonii przez ZSRR w latach 1940–1941, pokrzyżowała te plany, chociaż Keres rywalizował z Alechinem w turniejach organizowanych przez Niemiecki Związek Szachowy w latach 1942–1943. Alechin zwyciężał przed Keresem w Salzburgu i Monachium w 1942 roku oraz Pradze, a podzielił z nim I miejsce w Salzburgu w 1943 roku.
W okresie II wojny światowej uczestniczył również w turniejach w Buenos Aires (1939), Moskwie (1940), Leningradzie-Moskwie (1941), Tallinnie (1942), Poznaniu, Tallinnie i Madrycie (1943), Lidköping (1944), Rydze (1944/45) i Tallinnie (1945), a także zwyciężył w meczach z byłym mistrzem świata Maksem Euwem w Holandii na przełomie 1939/40 oraz z Ekströmem w Sztokholmie (1944).
Po wojnie reprezentował ZSRR. W silnie obsadzonych mistrzostwach Związku Radzieckiego zwyciężał trzykrotnie (w 1947, 1950 i 1951 roku). W rozegranym w 1948 roku turnieju o mistrzostwo świata zajął dzielone III–IV miejsce. Zwycięzca tego turnieju, Michaił Botwinnik, został następnym mistrzem świata po Alechinie, który zmarł nagle w 1946 roku w Portugalii. W latach 1948–1975 sześciokrotnie brał udział w turniejach pretendentów, pięć razy zajmując II miejsce.