Po powrocie do kraju w 1695 brał udział w walkach ze stronnictwem kanclerza wielkiego litewskiego Karola Stanisława Radziwiłła, którego pokonał, odzyskując dla Sapiehów dobra Iwan i Romanów na Litwie. Wbrew ojcu popierającemu Franciszka ks. Contiego popiera kandydaturę Augusta II na tron polski. W latach 1696–1700 brał udział w walkach z antysapieżyńskimi konfederatami Grzegorza Antoniego Ogińskiego. Wobec ogromnej przewagi konfederatów w bitwie pod Olkienikami 18 listopada 1700 z pola walki zbiegła jego rodzina wraz z większością stronnictwa sapieżyńskiego. Michał Franciszek próbował paktować, ostatecznie godząc się na kapitulację. W nocy został rozsiekany przez pijaną szlachtę podburzoną przez kanonika wileńskiego Krzysztofa Białłozora. Rodziny nie założył.
Kategoria:Absolwenci i studenci Kolegium Jezuitów w Braniewie Kategoria:Absolwenci i studenci Kolegium Jezuitów w Warszawie Kategoria:Członkowie stanu rycerskiego I Rzeczypospolitej Kategoria:Generałowie artylerii litewskiej Kategoria:Koniuszowie wielcy litewscy Kategoria:Polacy – wojskowi armii austriackiej (Święte Cesarstwo Rzymskie) Michał Franciszek Sapieha Kategoria:Urodzeni w 1670 Kategoria:Zmarli w 1700