Większość muzułmanów i Żydów została zmuszona do opuszczenia Hiszpanii lub nawrócenia na chrześcijaństwo (Moryskowie i Marrani). W związku z tym Maurowie, Żydzi oraz Gitanowie z Grenady i okolicznych wiosek rozpoczęli masowe migracje na tereny górskie lub do Afryki Północnej. W 1500 r. Cisneros powiedział: „Nie ma w mieście nikogo, kto nie byłby chrześcijaninem, a wszystkie meczety są teraz kościołami”.
Najdłużej niezależność zachowywała społeczność muzułmańska w Grenadzie ze względu na jej dużą liczebność. W 1496 roku, gdy zwierzchnikiem kościoła był w Grenadzie arcybiskup Hernando de Talavera, społeczność muzułmańska musiała przyjąć chrześcijaństwo. Wygnania były najbardziej dotkliwe w rejonie Aragonii i Walencji, co spowodowało m.in. powstanie w 1568 roku.
Dzięki polityce sojuszy z europejskimi potęgami oraz podbojami Ameryki Południowej i Indii Zachodnich, Hiszpania rozpoczęła powolne budowanie swojego imperium kolonialnego. Traktat z Tordesillas, wynegocjowany pomiędzy papieżem Aleksandrem VI a Portugalią i Hiszpanią, podzielił świat na dwie strefy wpływów.