Po powrocie do Polski Po powrocie do Polski w latach 1999–2004 był dyrektorem ds. rozwoju strategicznego w firmie ATM S.A. w Warszawie. Kontynuował współpracę z „Nową Fantastyką” i innymi czasopismami (jego cykl felietonów zmienił tytuł na E-mailem z Nowego Światu).
W lutym 2004 wygrał konkurs na stanowisko wiceprezesa Telewizji Polskiej do spraw nowych technologii i rozwojuBiuletyn PTI – Marek Hołyński w Zarządzie TVP S.A.. Pracując w TVP duży nacisk położył na rozwój Internetu, telewizji cyfrowej i mobilnej. Uchwałą rady nadzorczej TVP z 9 czerwca 2005 został zawieszony w czynnościach – jako powód podano utratę zaufaniaKariera z Doliny Krzemowej. Tu nie ma wolnego czasu gazeta.pl, 2010-02-15. Kadencja zarządu zakończyła się w maju 2006.
W listopadzie 2008 objął stanowisko dyrektora Instytutu Maszyn Matematycznych (IMM) w Warszawie. Funkcję tę pełnił do 1 lutego 2018 do chwili włączenia IMM do Naukowej i Akademickiej Sieci Komputerowej – Państwowego Instytutu BadawczegoNowa strona IMM,[dostęp=2019-01-29].