W 2014 w związku z objęciem urzędu sekretarza generalnego Konferencji Episkopatu Polski został zwolniony na czas pełnienia tej funkcji z obowiązku rezydencji na terenie archidiecezji lubelskiej i wykonywania zadań biskupa pomocniczego tej diecezji,
W ramach Konferencji Episkopatu Polski w latach 2005–2014 był delegatem ds. Duszpasterstwa Prawników, w latach 2006–2014 członkiem Rady Prawnej, a w latach 2010–2014 Rady ds. Środków Społecznego Przekazu. W latach 2014–2024, przez dwie kadencje, pełnił funkcję sekretarza generalnego Konferencji, z urzędu zasiadając w Radzie Stałej. W tym samym okresie należał także do Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu RP i Episkopatu oraz Komisji Mieszanej: Biskupi – Wyżsi Przełożeni Zakonni, a w latach 2023–2024 do Rady ds. Mediów i Komunikacji Społecznej. W 2018 został członkiem Zespołu roboczego ds. nowelizacji Statutu i Regulaminu Konferencji Episkopatu Polski. W tym samym roku objął funkcję przewodniczącego Kościelnej Komisji Konkordatowej, a w 2024 został członkiem działającego przy niej Zespołu ds. Finansowania Kościoła. Wszedł w skład Zespołu ds. Wizyty Ojca Świętego w Polsce w 2016 r. oraz Ogólnopolskiego Komitetu Organizacyjnego Obchodów 1050. Rocznicy Chrztu Polski w 2016 r., a także objął funkcję przewodniczącego Komitetu Organizacyjnego ds.