W kurii diecezjalnej kierował wydziałem duszpasterskim, który podzielił na sekcje odpowiadające duszpasterskim dziedzinom, ponadto inicjował kursy dla duchownych.
7 sierpnia 1965, po śmierci biskupa Tomasza Wilczyńskiego, kapituła warmińska wybrała go na wikariusza kapitulnego diecezji. 25 maja 1967 papież Paweł VI mianował go administratorem apostolskim, a 28 czerwca 1972, w następstwie podpisania układu o uznaniu granic między PRL a RFN i normalizacji stosunków roboczych między PRL a Stolicą Apostolską, biskupem diecezjalnym. 4 lipca 1972 objął diecezję, a 15 sierpnia 1972 odbył ingres do katedry we Fromborku. W 1973 otrzymał od Pawła VI przywilej noszenia paliusza. Erygował 41 parafii i ustanowił 4 nowe dekanaty. Utworzył w diecezji komisję ds. sztuki sakralnej (1966), radę kapłańską (1970) i radę duszpasterską (1970), przy seminarium duchownym powołał Studium Katechetyczne (1974). W 1977 zatwierdził kult objawień maryjnych w Gietrzwałdzie. Zintensyfikował prace nad procesem beatyfikacyjnym kardynała Stanisława Hozjusza.