We wrześniu 1940 roku z rozkazu Siemiona Timoszenki powołano komisję, która miała skontrolować dotychczasowe prace. Uznała, że w niektórych okręgach wojskowych postępują one zbyt wolno, np. w kijowskim na poziomie 24%, w zachodnim 30% wobec planu. 18 września Timoszenko i Kiriłł Mierieckow sporządzili dokument Rozważania na temat podstaw rozmieszczenia strategicznego Sił Zbrojnych ZSRR na zachodzie i wschodzie w latach 1940 i 1941. Stwierdzili w nim: „głównym i najpoważniejszym wrogiem [Związku Radzieckiego] są Niemcy” oraz zalecili dalsze umacnianie zachodniej granicy.
Budowa każdego schronu składała się z siedmiu cykli, z których pierwszy dotyczył wykopów ziemnych, a ostatni osadzenia uzbrojenia. Pierwsze cykle, wraz z robotami betoniarskimi, odbywały się sprawnie. W 1940 w czterech regionach udało się zabetonować więcej schronów niż zakładano (to jest 340 schronów przy 326 zaplanowanych). Poważny problem stanowiły kolejne cykle budowy. Przed zakończeniem sezonu w 1940 roku w pełni ukończono jedynie 16,8%, zaś urządzenia wewnętrzne zainstalowano w 24,5% zaplanowanych schronów. Prace zostały zawieszone w listopadzie, z uwagi na nadejście zimy.