Jednak Krpan, który mimo wszystko niezbyt dobrze zaaklimatyzował się w Portugalii, na początku sezonu 2001–2002 wrócił do NK Osijek, gdzie do ostatnich chwil walczył o mistrzostwo Chorwacji. Jego drużyna o 2 punkty przegrała z Hajdukiem Split. Krpan w 10 występach strzelił 6 goli i zaliczył jednego hat-tricka zdobytego w 6 minut. Jeszcze w samej końcówce sezonu przeszedł do zespołu NK Zagreb, gdzie przejście Krpana wyraźnie wpłynęło na jakość zespołu bowiem NK Zagrzeb zakończyło sezon na 3. miejscu, a sam Krpan w 11 występach strzelił 4 gole, w tym 2 w meczu ze swoim macierzystym klubem NK Osijek, który to mecz NK Zagrzeb wygrał aż 5:1. Zawodnik występował w Zagrzebiu na początku sezonu 2002–2003, gdzie w 2 meczach strzelił 1 bramkę, lecz w wyniku nieporozumień z włodarzami klubu, związanymi z wygórowanymi żądaniami płacowymi tego gracza, a także niemożnością znalezienia wspólnego języka z trenerem klubu Ivanem Kataliniciem, Krpan przeszedł do Hajduka Split. W sezonie tym w 25 występach dla Hajduka strzelił 8 goli, co pozwoliło zająć Hajdukowi wicemistrzostwo Chorwacji. W sezonie 2003–2004 marzenie Krpana o mistrzostwie się ziściły – do kolejnego wielkiego triumfu jakim był brązowy medal w drużynie na MŚ 1998, Krpan dorzucił mistrzostwo Prva HNL z Hajdukiem, z którym w 30 występach zdobył 12 goli.