W sierpniu 1939 r. powrócił do Polski. Uczestniczył jako ochotnik w wojnie obronnej 1939 r.; początkowo walczył w obronie Warszawy, a po jej kapitulacji w niejasnych okolicznościach przedostał się w okolice Kocka. Prawdopodobnie działał tam jako dowódca dywersyjnego oddziału wojskowego współdziałającego z jednostkami Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Polesie” gen. Franciszka Kleeberga. Być może wówczas pojawił się pomysł utworzenia na okres okupacji niemieckiej podziemnej organizacji pod nazwą Muszkieterzy (Muszkieterowie), który poparł gen. F. Kleeberg. Organizacja została powołana w listopadzie 1939 r. w Warszawie, kiedy S. Witkowski zaprzysiągł pierwszych 48 członków. Miała ona charakter przede wszystkim wywiadowczy, chociaż początkowo skupiona była na pomocy żołnierzom uciekającym z niewoli oraz legalizacji ich pobytu.
M.in. zorganizował podrobione dokumenty umożliwiające wyjście ze szpitala gen. Stefana Roweckiego ps. „Grot”.