Wprowadzono nową konstytucję, która ograniczała kompetencje prezydenta na rzecz parlamentu i rządu oraz przekazała rządy cywilom. Wybory prezydenckie 22 grudnia 1999 roku wygrał Mamadou Tandja z partii MNSD, a parlamentarne – jego partia, która jednak nie uzyskała bezwzględnej większości i utworzyła rząd koalicyjny z CDS. Jeszcze w 1999 roku uchwalono nową konstytucję. Sukcesem nowych władz było rozbrojenie powstańców spośród Tuaregów i Tubu oraz uzyskanie pożyczek z instytucji międzynarodowych. Wybory w 2004 roku wygrał dotychczasowy prezydent i popierająca go partia. W tym samym roku w Nigrze przeprowadzono po raz pierwszy w historii wybory lokalne. Konflikt z Beninem rozwiązał Międzynarodowy Trybunał Sprawiedliwości, który w 2005 roku przyznał Nigrowi większość sporych wysepek na rzece stanowiącej linię graniczną z Beninem.