Podczas zimy można zaobserwować harmattan będący suchym i ciepłym wiatrem znad Sahary. W Nigrze jedyną stałą rzeką jest Niger, przepływający przez południowo-zachodnią część państwa. Pozostałe rzeki są rzekami okresowymi. W Nigrze znajdują się liczne suche doliny (wadi). Na południowym wschodzie leży jezioro Czad. Na północy istnieje roślinność pustynna, przechodząca ku południowymi w półpustynną. W południowej części Nigru znajdują się sawanny z udziałem kolczastych drzew (głównie akacji) oraz baobabów. Na zachód od jeziora Czad znajdują się suche tereny porośnięte sawanną trawiastą. Wzdłuż wady rosną akacje i palmy dum. W 2006 roku w Nigrze znajdowało się 6,6% powierzchni kraju pod ochroną prawną.
W Nigrze dziko żyją krokodyle, lwy, bawoły, hipopotamy i słonie.