W styczniu 1998 roku Cvitanović podpisał kontrakt z hiszpańskim Realem Sociedad. 1,5 roku spędzone w zespole z San Sebastian nie było dla Cvitanovicia udane, który w 29 meczach zdobył tylko 3 bramki. W 1999 roku wrócił do Dinama, w którym grał do 2002 roku, potem nastąpił roczny pobyt w japońskim Shimizu S-Pulse. W sezonie 2003/2004 był jeszcze graczem NK Osijek, w którym zagrał tylko 5 razy i nie zdobył gola, a po sezonie zdecydował się zakończyć piłkarską karierę. Cvitanović 4-krotnie był mistrzem Chorwacji z zespołem Dinama w latach 1993, 1996, 1997 i 2000 i zdobył 5 razy Puchar Chorwacji w latach 1994, 1996, 1997, 2001 i 2002. Cvitanović ze 126 golami w lidze jest jej najlepszym w historii strzelcem – 117 z nich strzelił dla Dinama (jest najlepszym strzelcem w historii klubu) i 9 dla Varteksu.