Był zwolennikiem reform społecznych i politycznych, toteż w 1960 roku wprowadził kilka z nich. Działo się to w czasie pobytu ojca za granicą (leczenie) i choć reformy te Ahmad od dawna obiecywał, to po powrocie wszystkie cofnął. 18 września 1962 roku zmarł jego ojciec i Muhammad został nowym królem i imamem. Wprowadził amnestię dla wszystkich więźniów politycznych i zapowiedział reformy. Powołał też nowego głównodowodzącego armii Abdullaha as-Sallala, który to 26 września wraz z grupą lewicowych wojskowych obalił Muhammada. Król uciekł więc na północ kraju, gdzie stanął na czele antyrządowych plemion.
Często podróżował do Arabii Saudyjskiej, zabiegając o jej pomoc w obaleniu chwiejnego jeszcze wówczas rządu. Wybuchła wojna domowa, w której republikanów wspierał Egipt, a rojalistów Saudowie. Muhammad rościł swoje pretensje do tronu i uznawany był za króla przez wiele krajów do roku 1970, kiedy to Saudowie podpisali porozumienie z republikanami. Choć monarchiści podpisali pokój z rządem w 1970, to walki trwały do 1972. Po ich ustaniu Muhammad udał się na emigrację do Wielkiej Brytanii.
Zmarł w londyńskim szpitalu na zapalenie płuc. Pochowany jest na cmentarzu Brookwood koło Woking (Anglia).