Prezydent, nie chcąc doprowadzić do zwiększenia roli Bumediena w państwie, rozpoczął proces usuwania ministrów związanych z pułkownikiem. Momentem kulminacyjnym sporu okazała się zapowiedź prezydenta z czerwca 1965 roku, kiedy ogłosił on zwołanie posiedzenia Biura Politycznego, na którym miano zadecydować o zmianach w armii i powołaniu milicji.
Pułkownik Bumedien zdecydował się na zamach stanu i aresztowanie prezydenta. Militarny pucz odbył się 19 czerwca 1965 i był całkowicie bezkrwawy. Zamach odbył się przed konferencją państw afroazjatyckich, mającą odbyć się w Algierze – wojsko obawiało się, że Ben Bella wykorzysta konferencję do dalszego wzmocnienia zakresu własnej władzy.
Utrata władzy i późniejsze życie Ahmad Ben Bella utracił stanowisko i do 1979 przebywał w areszcie domowym w M’Sila w południowo-zachodnich górach Algierii. W grudniu 1978 zmarł Bumedien, a nowy rząd ograniczył restrykcje wobec Ben Belli. Prezydent Szadli Bendżedid 3 lipca 1979 zwolnił Ben Bellę z aresztu domowego. W 1980 roku Ben Bella wyjechał na emigrację, przebywał we Francji i Szwajcarii. Powrócił do kraju w 1990 roku po zniesieniu w Algierii systemu monopartyjnego. Został przywódcą Ruchu na rzecz Demokratycznej Algierii.