Pomiędzy latami 1573-1590 kościół i klasztor zostały przebudowane i wtedy też dobudowano arkadową fasadę z widokiem na katedrę, a także zbudowano kaplicę ufundowaną prawdopodobnie przez Zofię ze Szczawińskich Rawską. W XVI wieku do ściany południowej i zachodniej dobudowano krużganki. W 1715 roku zbudowano na dachu sygnaturkę. W XVIII wieku powstał dla dominikanek własny dom zakonny zbudowany z inicjatywy biskupa Michała Poniatowskiego. W 1. połowie XVIII w., wnętrze kościoła otrzymało wystrój późnobarokowy.
W 1804 r. Prusacy usunęli zakonników, oddając świątynię parafii ewangelickiej, a klasztor wykorzystując jako archiwum i szkołę. Pomiędzy latami 1803-1805 nadbudowano mury i wykuto nowe wejście do kościoła oraz okna. W 1939 roku okupanci niemieccy odebrali kościół dotychczasowej parafii ewangelickiej i przekazali parafii ewangelicko-luterańskiej. W 1945 roku kościół przywrócono kościołowi rzymsko-katolickiemu. W 1963 roku pokryto dach kościoła dachówką holenderką. W 1964 r. powstał samodzielny ośrodek duszpasterski, katolicy odzyskali kościół, plebanię i dzwonnicę. 18 października 1975 r. biskup płocki Bogdan Sikorski erygował parafię pw. św. Maksymiliana Kolbego. Budynek klasztoru został przeznaczony na siedzibę płockiej parafii prawosławnej pw.