Naumiuk i Walenty Dawidow zorganizowali samodzielny Kościół Chrystusowy, zarejestrowany w 1982 roku.
W latach 1953–1988 polskie Kościoły Chrystusowe znajdowały się w strukturach federacyjnego Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego (ZKE). W latach 1975–1981 przedstawiciel tego ugrupowania, Konstanty Sacewicz, był prezesem ZKE. W schyłkowym okresie istnienia ZKE przewodniczącym Rady Ugrupowania Kościołów Chrystusowych był Henryk Sacewicz.
W wyniku rozpadu ZKE ugrupowanie to usamodzielniło się i w 1988 stało się odrębnym zarejestrowanym związkiem wyznaniowym pn.Kościół Zborów Chrystusowych. Jego pierwszym zwierzchnikiem został pastor Henryk Sacewicz.
Okres III Rzeczypospolitej Po kilkunastu latach sprawowania urzędu zwierzchnika Kościoła przez Henryka Rother-Sacewicza (pierwszy człon nazwiska został przydany w latach 90.), w 2011 stanowisko to objął Andrzej W. Bajeński. Po 1989 Kościół dwukrotnie zmienił nazwę: najpierw w listopadzie 2004 na Wspólnota Kościołów Chrystusowych w RP, a od 31 sierpnia 2011 nosi nazwę Kościół Chrystusowy w RP.
Podczas Konferencji Synodalnej mającej miejsce w dniach 1–2 maja 2026 nowym Prezbiterem Naczelnym Kościoła Chrystusowego w RP został wybrany Krzysztof Zaręba.