Od sezonu 2001 w klubie działo się tylko gorzej. Klub opuszczali kolejni zawodnicy i tym samym klub z Piły się osłabiał, zaś pieniądze tracił na nieudanych transferach w 2002 roku. W sezonach 2001 i 2002 Polonia Piła zajmowała odpowiednio 5. i 6. miejsce.
Zdecydowany kryzys nastąpił w 2003 roku kiedy to pilanie spadli z Ekstraligi. Klub nie przystąpił do rozgrywek do I ligi w sezonie 2004 z powodów finansowych.
Przed sezonem 2004 powołano Pilski Klub Żużlowy Polonia Piła, który przystąpił do rozgrywek II ligi.
Sezony SezonRozgrywki ligoweLigaMiejsce 1993 II II liga 3/10 1994 II liga 1/10 1995 I I liga 4/10 1996 I liga 3/10 1997 I liga 3/10 1998 I liga 2/10 1999 I liga 1/10 2000 Ekstraliga 2/8 2001 Ekstraliga 5/8 2002 Ekstraliga 6/8 2003 Ekstraliga 8/8
Poziom ligowyLiczba sezonówSezonyI91995–2003II21993–1994
Osiągnięcia Krajowe Poniższe zestawienia obejmują osiągnięcia klubu oraz indywidualne osiągnięcia zawodników w rozgrywkach pod egidą PZM oraz GKSŻ.
Mistrzostwa Polski Drużynowe mistrzostwa Polski 1. miejsce (1): 1999 2. miejsce (2): 1998, 2000 3. miejsce (2): 1996, 1997
Młodzieżowe drużynowe mistrzostwa Polski 1. miejsce (1): 2003 2. miejsce (6): 1995, 1997, 1998, 1999, 2001, 2002