Najeźdźcy ci nie zniszczyli jednak istniejącej wówczas helleńsko-buddyjskiej kultury i za ich panowania osiągnęła ona szczyt rozwoju. Około 220 roku państwo Kuszanów rozpadło się na drobne państewka, które 180 lat później zostały najechane przez Heftalitów (białych Hunów). Położyli oni kres, mającej już za sobą 700 lat istnienia, kulturze helleńsko-buddyjskiej. W 550 roku po raz drugi nad Afganistanem zapanowali Persowie. Sto lat później dotarli tam Arabowie, którzy przynieśli ze sobą islam.

650–1747 Terytoria tworzące dzisiejszy Afganistan dość wcześnie odpadły od arabskiego kalifatu, a władzę w nim sprawowały kolejno różne lokalne dynastie. Najsłynniejszą z nich są Ghaznawidzi, którzy na początku XI wieku opanowali ziemie od Chorasanu aż po Pendżab. Około 1220 roku do Afganistanu wdarli się z północy Mongołowie. Zniszczyli większość miast oraz system irygacyjny, który zapewniał mieszkańcom tego kraju dobre plony. Pod koniec XIV wieku ziemie afgańskie zostały ponownie zaatakowane przez Timura. Jeden z jego potomków imieniem Babur uczynił w XVI wieku z Afganistanu bazę, z której uderzył na Indie, gdzie założył dynastię Mogołów. Przez kolejne dziesięciolecia ziemie dzisiejszego Afganistanu były podzielone pomiędzy Persję i Indie.