1998–2002 – kontynuował treningi specjalistyczne i jednocześnie pracował w Wydziale Robotyki Biura Astronautów NASA. W centrum kierowania lotem pełnił też funkcję CapComa (Capsule Communicator), polegającą na utrzymywaniu łączności z astronautami przebywającymi na Międzynarodowej Stacji Kosmicznej i pokładach wahadłowców. Luty 2002 – został wyznaczony do załogi podstawowej misji STS-115, która wiosną 2003 miała polecieć na ISS promem Endeavour. Podczas lotu MacLean miał dwukrotnie pracować na zewnątrz stacji. Jednakże wskutek katastrofy wahadłowca Columbia harmonogram wyprawy był wielokrotnie zmieniany. 9–21 września 2006 – uczestniczył w misji STS-115 wahadłowca Atlantis.
STS-52 (Columbia F-13) W swój pierwszy lotu w kosmos wystartował na pokładzie promu Columbia 22 października 1992. Misją STS-52 dowodził James D. Wetherbee. Pilotem wyprawy był Michael A. Baker, a specjalistami misji – Charles L. Veach (MS-1), William M. Shepherd (MS-2) i Tamara E. Jernigan (MS-3). MacLean był specjalistą ładunku (PS-1). Jego dublerem był inny kanadyjski astronauta – Bjarni Tryggvason. Podczas blisko dziesięciodniowego lotu z pokładu wahadłowca wypuszczono włosko-amerykańskiego satelitę LAGEOS 2 (Laser Geodynamic Satellite 2 – Laserowy Satelita Geodynamiczny 2).