Znaczenie ekologiczne Strefa hyporeiczno-interstycjalna łączy procesy zachodzące w ekosystemie wodnym z procesami zachodzącymi w osadach i środowisku podziemnym. Przepływ wody transportuje przez nią między innymi tlen, materię organiczną i związki biogenne, natomiast organizmy i mikroorganizmy obecne w osadach wpływają na ich dalsze przemiany.
Znaczenie strefy nie ogranicza się więc do funkcji hydrologicznej. Zachodzące w niej procesy wpływają na obieg azotu, obieg węgla i retencję materii organicznej, a także na właściwości wody powracającej do koryta.
Strefa hyporeiczna może być również ważnym elementem siedliska organizmów związanych z ciekiem. W okresach zaburzeń środowiska powierzchniowego, takich jak wezbrania, część organizmów bentosowych może wykorzystywać podłoże jako miejsce schronienia. Po ustąpieniu zaburzenia organizmy te mogą ponownie zasiedlać powierzchniową część koryta.
Zmienność przestrzenna i czasowa Rozmiar i właściwości strefy zmieniają się wraz z warunkami hydrologicznymi. Zwiększenie przepływu może zmieniać intensywność wymiany pomiędzy korytem a podłożem, podobnie jak zmiany poziomu wód podziemnych, opady atmosferyczne i zmiany morfologii koryta.