Warunki fizykochemiczne Woda przemieszczająca się przez osady podlega zmianom fizycznym i chemicznym. Jednym z najważniejszych czynników jest tlen rozpuszczony, którego stężenie może zmniejszać się w miarę aktywności metabolicznej mikroorganizmów. W różnych częściach strefy mogą dzięki temu powstawać środowiska o odmiennym stopniu natlenienia i różnym potencjale oksydacyjno-redukcyjnym.
W strefie hyporeicznej zachodzą intensywne przemiany materii organicznej i biogenów. Aktywność mikroorganizmów może prowadzić między innymi do przemian związków azotu i węgla, w tym do nitryfikacji i denitryfikacji. Znaczenie tych procesów zależy między innymi od czasu przebywania wody w osadach, dostępności tlenu i ilości materii organicznej.
Strefa może również wpływać na warunki termiczne cieku. Temperatura wody podziemnej jest zwykle bardziej stabilna niż temperatura wody powierzchniowej, dlatego wymiana pomiędzy obiema strefami może prowadzić do powstawania lokalnych gradientów temperatury w obrębie osadów.