400 miejsc w części przeznaczonej dla kobiet.
Wkrótce, w 1898 r., za synagogą z inicjatywy Louisa Aronsohna powstała Szkoła żydowska.
Przez niemal cały okres międzywojenny rabinem bydgoskiej gminy żydowskiej był powszechnie szanowany (również ze strony wyznawców innych religii) dr Efraim Sonnenschein, posiadający biuro przy ul. Jana Kazimierza 4/7. Po wybuchu II wojny światowej i wkroczeniu Niemców do Bydgoszczy, synagoga została zamknięta. 14 września 1939 r., nadburmistrz Bydgoszczy Werner Kampe ogłosił na łamach „Deutsche Rundschau” przetarg na rozbiórkę synagogi i innych budynków należących do gminy żydowskiej. Przetarg wygrał Herbert Matthes, właściciel fabryki mebli przy ul. Garbary. Zanim w styczniu – lutym 1940 r. doszło do rozbiórki budowli, w październiku 1939 r. została ona podpalona. Obecnie po synagodze pozostał pusty plac oraz kilka zdobionych cegieł znajdujących się w bydgoskim muzeum.
20 września 2012 odsłonięto kamień z trójjęzyczną (polski, angielski, hebrajski) tablicą upamiętniającą bydgoskich żydów oraz znajdującą się w tym miejscu synagogę"Kiedyś była tu synagoga, dziś jest tablica pamięci Żydów" [dostęp 23.07.2013].