W 1953 na polecenie Prezydium Miejskiej Rady Narodowej synagoga została przejęta i oddana Centrali Odzieżowej na skład tekstylniany mimo wyraźnego sprzeciwu lokalnej społeczności żydowskiej. Cały sprzęt liturgiczny oraz księgi zostały przewiezione do siedziby kongregacji. Wobec rezygnacji Centrali Odzieżowej z budynku został on przekazany „Spólnocie Pracy” na magazynKazimierz Urban, Cmentarze żydowskie, synagogi i domy modlitwy w Polsce w latach 1944–1966, Kraków 2006, – Konflikt o synagogę w Przemyślu przy ul. Słowackiego, s. 315–319, Proces o synagogę w Przemyślu (1958-59), s. 434–442..
W 1958 kongregacja wystąpiła do sądu o zwrot synagogi dla celów kultu religijnego. Domagano się również napraw krzywd moralnych i materialnych. Pierwszy proces okazał się dla kongregacji pozytywny. Po tym Wydział Finansowy PWRN wniósł odwołanie do sądu Wojewódzkiego. Drugi proces sądowy z 1959 okazał się dla społeczności żydowskiej przegrany i nie wyrażono zgody na oddanie budynku synagogi. Jak tłumaczono, budynek jest bardzo duży i nie odpowiada na cele kultowe dla tak małej liczby wiernych. Prezydium podjęło wówczas decyzję o przekazaniu synagogi na cele kulturalno-oświatowe.