W związku z pogromem dokonanym w 1746, zakon Jezuitów wypłacił rekompensatę w postaci 15 000 polskich Guldenów, za które naprawiono wyrządzone szkody.
W latach 1910–1914 synagoga została odrestaurowana pod kierunkiem architekta Tadeusza MokłowskiegoStarożytna synagoga w Przemyślu Nowości Illustrowane 1913 nr 28 s.8-9 . W 1934 bożnica została wpisana do rejestru zabytków. Podczas II wojny światowej została uszkodzona podczas walk. W 1941 zniszczeń dopełnili hitlerowcy, wysadzając bimę w powietrze.
W 1956, ówczesne władze miasta nakazały rozebrać ruiny synagogi, mimo sprzeciwu konserwatora zabytków, który miał w planach odbudowanie zabytku. Obecnie na miejscu synagogi znajduje się pusty plac, na którym parkują samochody.
Architektura Murowana synagoga została wzniesiona na planie prostokąta w stylu renesansowym. Pierwotnie jedynym pomieszczeniem była prostokątna sala główna, w której na ścianach znajdowały się malowidła o wysokiej wartości artystycznej z 1840. Przedstawiały one m.in. sceny biblijne, krajobrazy, inskrypcje i modlitwy hebrajskie oraz zwierzęta.
Na środku znajdowały się cztery kolumny zwieńczonymi korynckimi głowicami, między którymi znajdowała się bima.