Podczas II wojny światowej hitlerowcy podpalili synagogę, jednak dzięki bardzo szybkiej interwencji właściciela zamku i ordynata łańcuckiego Alfreda Antoniego Potockiego pozwolono ugasić pożar. Zniszczeniu uległo jednak całe drewniane wyposażenie wnętrza. thumb|200px|Klatka schodowa Po tym wydarzeniu w synagodze ulokowano magazyn zboża, który mieścił się w niej do 1956. W tym samym roku Miejska Rada Narodowa w Łańcucie podjęła decyzję o rozbiórce budynku na budulec. Wówczas to synagogą zainteresował się dr Władysław Balicki, który postawił radnym ultimatum: albo zostawią synagogę w spokoju, albo nie będzie obchodu sześćsetlecia miasta. Budynek przetrwał, a w jego wnętrzu Władysław Balicki zorganizował wystawę z okazji sześćsetlecia Łańcuta.
W latach 60. XX w. Władysław Balicki wspólnie z kierownikiem Wydziału Kultury Rady Narodowej w Rzeszowie Janem Micałem wystąpili z wnioskiem o fundusze na odrestaurowanie synagogi i urządzenie w niej muzeum żydowskiego. Otrzymano na ten cel 200 tysięcy złotych, które w całości przeznaczono na remont wnętrza w oparciu o oryginalną akwarelę Zygmunta Fogla z 1797, odnalezioną w archiwach Uniwersytetu Warszawskiego.