W latach 60. w budynku ulokowano magazyn, biuro, skład mebli oraz punkt skupu jaj miejscowej spółdzielni rolniczej. Wówczas synagogę wyremontowano, w przedsionku oraz przyległych pomieszczeniach wykonano nową posadzkę, wstawiono nowe drzwi wejściowe, wykonano nadtynkową instalację elektryczną, ale również doprowadzono do zniszczenia pozostałości jej cennego wyposażenia.
W początkach lat 90. spółdzielnia opuściła synagogę, która od tego czasu stała opuszczona i popadała w ruinę. W 1999 roku władze Gminy Wielkie Oczy dokonały prowizorycznego zabezpieczenia pokrycia dachu w miejsce zerwanych arkuszy blachy. Po roku 1989 nawiązała się współpraca miejscowych organizacji kulturalnych, wielkoockiej parafii i potomków żydowskich mieszkańców wsi, mająca na celu przeprowadzenie remontu bożnicy i adaptację na gminny dom kultury i bibliotekę. Wielkie Oczy będą też częścią Szlaku Chasydzkiego, planowanego przez Fundację Odnowy Dziedzictwa Żydowskiego. W 2011 roku dzięki staraniom władz gminy ukończono remont synagogi i pełni on funkcję biblioteki publicznej.