W latach 90. Spartak osiągał lokaty w środkowej części tabeli lub bronił się przed spadkiem. W sezonie 1994-1995 po raz drugi piłkarzowi tego klubu przypadła nagroda dla najskuteczniejszego zawodnika ligi, tym razem był nim Iwo Georgijew, który później znalazł się w kadrze reprezentacji na Euro 1996.
W rozgrywkach 2004-2005 zespół pożegnał się z ekstraklasą, ale wrócił do niej już po roku. W sezonie 2006-2007 wystartował jako beniaminek ligi.
Trenerem drużyny od marca do kwietnia 2007 roku był Nedełczo Matuszew. Zastąpił na tym stanowisku pracującego od stycznia 2003 roku Mirosława Mironowa, byłego selekcjonera juniorskiej reprezentacji Bułgarii. Następcą Matuszewa jest dawny piłkarz Lewskiego Sofia Georgi "Gesza" Iwanow.
Sukcesy Mistrzostwa Bułgarii mistrzostwo (1): 1932 wicemistrzostwo Bułgarii (2): 1931, 1933 Puchar Bułgarii finał (2): 1961, 1983
Europejskie puchary