NID jest prawnym następcą Ośrodka Dokumentacji Zabytków, utworzonego w 1962. Kontynuuje idee ochrony i udostępniania dziedzictwa kulturowego szerokim grupom odbiorców. W 2002 r. poprzez połączenie Ośrodka Dokumentacji Zabytków i Ośrodka Ochrony Zabytkowego Krajobrazu powstał Krajowy Ośrodek Badań i Dokumentacji Zabytków (KOBiDZ).
Z dniem 1 stycznia 2007, na mocy zarządzenia Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego do KOBiDZ przyłączono Ośrodek Ochrony Dziedzictwa Archeologicznego, co oznaczało powstanie pod poprzednią nazwą nowej instytucji kultury. 1 stycznia 2011 KOBiDZ zmienił nazwę na Narodowy Instytut Dziedzictwa.
Na podstawie Zarządzenia Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego z dniem 10 czerwca 2024 r. dokonano połączenia państwowych instytucji kultury: Narodowego Instytutu Dziedzictwa i Narodowego Instytutu Konserwacji Zabytków.