Podczas II wojny światowej Niemcy doszczętnie zdewastowali wnętrze synagogi. Po zakończeniu wojny przez kilka lat stała opuszczona. W 1954 roku o budynek starał się Związek Branżowy Spółdzielni Chemiczno-Mineralnych w Rzeszowie, który chciał w niej urządzić zakład szklarsko-chemiczny i spółdzielnię szklarsko-chemiczną. W protokole zdawczo-odbiorczym z 5 lipca 1954 roku napisano: "[...] budynek [...] jest w stanie daleko posuniętego zniszczenia. W szczególności stwierdzono, że mury budynku podtrzymujące konstrukcję dachową są grube i zupełnie zdrowe, zaś dach sklepienia, podłogi, schody i wyprawa ścian jest kompletnie zniszczona tak, że ogólne zniszczenia Komisja zgodnie ustala na 60%, natomiast pokrycie dachu jest całkowicie zerwane [...]"Kazimierz Urban, Cmentarze żydowskie, synagogi i domy modlitwy w Polsce w latach 1944-1966, Kraków 2006, – Protokół zdawczo-odbiorczy z 5 lipca 1954 roku (fragment), str. 320.
W 1955 roku Związek Branżowy Spółdzielni Chemiczno-Mineralnych zrezygnował z użytkowania synagogi i w związku z tym od 1 października tego samego roku została przekazana w zarząd i bezpłatne użytkowanie Wydziałowi Oświaty Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Rzeszowie z przeznaczeniem na Dom Harcerza oraz magazynów M.H.D.