Po zakończeniu wojny synagoga przez kilka lat stała opuszczona i niszczała. W 1955 została wyremontowana, a jej wnętrze przebudowane z przeznaczeniem na warsztaty tkackie dla miejscowej szkoły zawodowej. Wówczas usunięto m.in. bimę, schodki do aron ha-kodesz, podwyższono poziom podłogi oraz wybielono ściany, jednak na polecenie kierownictwa szkoły zachowano najcenniejsze detale architektoniczne oraz polichromię i portal wokół aron ha-kodesz. Ten fragment ściany zasłonięto szybą tak, aby nie uległ zniszczeniu.
W 1993 roku synagoga została odzyskana przez Gminę Wyznaniową Żydowską w Krakowie, która nie zgodziła się na dalsze użytkowanie synagogi przez warsztaty. Od tego czasu w synagodze rozpoczęto remont, którym kierowała Fundacja Rodziny Nissenbaumów. Prace jednak szły bardzo powoli i po śmierci prezesa fundacji, Zygmunta Nissenbauma, zostały wstrzymane.