W 1985 wspólnie ze swoją siostrą Ute Emmerich założył firmę Centropolis Film Productions (obecnie Centropolis Entertainment), w której rozpoczął realizacje swoich filmów. Pierwszym z nich był Księżyc 44 (1990) z Michaelem Paré, Brianem Thompsonem i Malcolmem McDowellem. Po realizacji debiutanckiego filmu w Hollywood pt. Uniwersalny żołnierz (1992), zrealizował obraz Gwiezdne wrota (1994), który odniósł niespodziewany sukces. Kolejnymi udanymi realizacjami były m.in. Dzień Niepodległości (1996), remake filmu Godzilla (1998), Patriota (2000) i Pojutrze (2004).
Na 55. Berlinale (2005) Emmerich przewodniczył obradom jury konkursu głównego.
Jako aktywny działacz na rzecz społeczności LGBT i ujawniony gej, w 2006 przeznaczył 150 tys. dolarów na Legacy Project – kampanię na rzecz zachowania filmów LGBT. Była to największa darowizna w historii przekazana podczas festiwalów filmów LGBT Outfest.